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空間基因組(DLO Hi-C)
空間基因組(DLO Hi-C)
  • DLO Hi-C 技術原理

  • 單細胞 DLO Hi-C 技術原理圖

DLO Hi-C

人類基因組包含大約20,000個蛋白質編碼基因和大量的轉錄調控元件。研究表明,染色質狀態(tài)以及三維結構對基因在的表達有著深遠的影響。通過三維基因組與轉錄組、表觀組等數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析,以及結合DNA-FISH實驗對分析結果的驗證,能夠在表觀遺傳和基因表達調控網(wǎng)絡層面上對生物體性狀形成的相關機制進行精確解析。前期,我們開發(fā)了一種新的染色體構象捕獲技術in-situ DLO Hi-C, 其特點是成本低,構建Hi-C文庫的方法簡單。這種基于雙交聯(lián)和鄰近連接的方法只需要兩輪酶切和連接反應就可以構建高質量的Hi-C文庫,鯤羽生物的DLO Hi-C技術和單細胞DLO Hi-C技術,使實驗周期更短,效率更高,且適用于少量細胞。

技術優(yōu)勢

Technical advantages


  • 無需專門構建群體,單個樣 本實現(xiàn)輔助基因組組裝


  • 精確率高,人類基因組錨定染色體精確率為98%,排序和定向準確率大99%


  • 周期短,操作便捷,性價比高


  • 文庫質控體系,降低了實驗成本,測序結果更可靠


  • 適用多種不同物種,不同樣本

技術應用

Technology application

  • ●為疾病風險預測提供思路
    ●為腫瘤形成機制提供依據(jù)
    ●為農(nóng)業(yè)動植物經(jīng)濟性狀連鎖標記及基因組進化奠定基礎

  • ●有助于了解基因組折疊對基因表達的影響
    ●有助于了解基因組三維結構對細胞發(fā)育,分化及細胞命運的決定

  • ●揭示基因組遠程調控元件介導的分子網(wǎng)絡
    ●通過分析調控元件空間互作熱點開發(fā)潛在的藥物作用靶點

  • ●輔助動植物基因組組裝
    ●宏基因組組裝及菌群精確分類

  • 染色體跨度的單倍
    型圖譜構建

  • 探索基因組
    的3D結構
  • 開發(fā)調控基因
    的DNA元件
  • Hi-C輔助基
    因組組裝

適用樣本

1、貼壁細胞,懸浮細胞等各種細胞系,例如THP-1人外周血的單核細胞系,A549人非小細胞肺泡細胞和口腔上皮等;
2、動物組織(研磨后細胞量特別少的除外),昆蟲,腫瘤組織(不能勻漿的除外)等;
3、其他特殊樣本可聯(lián)系技術支持。

部分客戶文章

Some customer articles

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Canhui?Cao,?Ping?Hong,?Xingyu?Huang,?Da?Lin,?Gang?Cao,?Liming?Wang,?Bei?Feng,?Ping?Wu,?Hui?Shen,?Qian?Xu,?Ci?Ren,?Yifan?Meng,?Wenhua?Zhi,?Ruidi?Yu,?Juncheng?Wei,?Wencheng?Ding,?Xun?Tian,?Qinghua?Zhang,?Wei?Li,?Qinglei?Gao,?Gang?Chen,?Kezhen?Li,?WingKin?Sung,?Zheng?Hu,?Hui?Wang,?Guoliang?Li,?Peng?Wu.?HPV-CCDC106?Integration?Alters?Local?Chromosome?Architecture?and?Hijacks?an?Enhancer?by?Remodeling?the?3D?Genome?Structure?in?Cervical?Cancer.?Journal?of?Genetics?and?Genomics,?2020.

Xiao,?K.?et?al.?RUNX1-mediated?alphaherpesvirus-host?trans-species?chromatin?interaction?promotes?viral?transcription.?Science?Advances?7,?eabf8962?(2021).